Investigation of variations in NBS motifs in alfalfa (<i>Medicago sativa</i>), <i>M. edgeworthii</i>, and <i>M. ruthenica</i>
Notice bibliographique
Résumé
Medicago edgeworthii Sirjaev and M. ruthenica (L.) Ledebour are allogamous, diploid (2n = 2x = 16) perennials from Asia, which have a remarkable ability to survive stress , but are genetically distant from cultivated alfalfa (M. sativa L., 2n = 4x = 32). In lieu of hybridization, potentially important genes from the Asian species could be transferred to alfalfa using transgenic techniques. Many plant disease resistance genes (R-genes) belong to the nucleotide binding site-leucine rich repeats (NBS-LRR) superfamily and have several highly conserved NBS region motifs, which can be used to identify them. Thus, genomic DNA of alfalfa and the two Asian species was primed with a degenerate forward P-loop primer paired with degenerate reverse primers designed for GLPLA, RNBS-C, or RNBS-D-non-Toll/Interleukin (RNBS-D-non-TIR) motifs. The P-Loop/GLPLA primer combination yielded the largest number of sequences without stop codons, and alfalfa had the greatest variation within the kinase and RNBS-C domains; however several kinase and RNBS-C sequences were unique to M. edgeworthii or M. ruthenica. Priming with the P-loop/RNBS-C primer pair resulted in some open reading frames, which apparently did not belong to the NBS-LRR superfamily. The only open reading frames for the P-loop/RNBS-D-non-TIR primer combination were for M. ruthenica. These non-TIR-type clones, and the only non-TIR-type clone from the P-loop/GLPLA PCR (alfalfa), had sequences that were markedly different from the TIR-type sequences. The RNBS-C region may be useful in identifying non-TIRtype R-gene analogs in future studies. Screening for unique R-gene analogs in genetically distant Medicago species may be a very effective way of isolating potential new R-genes for transfer to alfalfa. Key words: Alfalfa, disease resistance, kinase, Medicago edgeworthii, Medicago ruthenica, NBS-LRR, R-gene analog
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».