Substrate directs enzyme dynamics by bridging distal sites: UDP‐galactopyranose mutase
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
UDP-Galactopyranose mutase (UGM) is a flavoenzyme that catalyzes interconversion of UDP-galactopyranose (UDP-Galp) and UDP-galactofuranose (UDP-Galf); its activity depends on FAD redox state. The enzyme is vital to many pathogens, not native to mammals, and is an important drug target. We have probed binding of substrate, UDP-Galp, and UDP to wild type and W160A UGM from K. pneumoniae, and propose that substrate directs recognition loop dynamics by bridging distal FAD and W160 sites; W160 interacts with uracil of the substrate and is functionally essential. Enhanced Trp fluorescence upon substrate binding to UGM indicates conformational changes remote from the binding site because the fluorescence is unchanged upon binding to W70F/W290F UGM where W160 is the sole Trp. MD simulations map these changes to recognition loop closure to coordinate substrate. This requires galactose-FAD interactions as Trp fluorescence is unchanged upon substrate binding to oxidized UGM, or binding of UDP to either form of the enzyme, and MD show heightened recognition loop mobility in complexes with UDP. Consistent with substrate-directed loop closure, UDP binds 10-fold more tightly to oxidized UGM, yet substrate binds tighter to reduced UGM. This requires the W160-U interaction because redox-switched binding affinity of substrate reverses in the W160A mutant where it only binds when oxidized. Without the anchoring W160-U interaction, an alternative binding mode for UDP is detected, and STD-NMR experiments show simultaneous binding of UDP-Galp and UDP to different subsites in oxidized W160A UGM: Substrate no longer directs recognition loop dynamics to coordinate tight binding to the reduced enzyme.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle