Proteomic Profiling of Lipopolysaccharide-Activated Macrophages by Isotope Coded Affinity Tagging
Notice bibliographique
Résumé
Lipopolysaccharide (LPS), a glycolipid component of the outer membranes of Gram-negative bacteria, initiates proinflammatory, proapoptotic, and antiapoptotic pathways upon binding to macrophage TLR4. Macrophages that are exposed to LPS become activated and exhibit altered morphology and response to infection. We performed isotope coded affinity tagging (ICAT), multidimensional liquid chromatography, and mass spectrometry to identify proteins that are differently expressed between naive and LPS-activated macrophages. We performed replicate ICAT analyses on RAW 264.7 cultured mouse macrophages as well as C57BL/6 bone marrow derived mouse macrophages. We identified and obtained relative abundances for 1064 proteins, of which we identified 36 as having significantly different expression levels upon activation by LPS. We also compared our results with a two color microarray gene expression assay performed by the Institute for Systems Biology and observed approximately 75% agreement between mRNA transcription and protein expression regarding up- or down-regulation of gene products. We used Western blot analysis to confirm the findings of ICAT and mRNA for one protein, sequestosome 1, the cellular concentration of which was observed to increase upon activation by LPS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».