Abstract 3753: Quantitation of EGFR and phosphoEGFR in FFPE tissue
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The epidermal growth factor receptor (EGFR) is a drug target for both small molecule and antibody therapeutic approaches for several cancers; however, current methods of selecting patients that will most likely respond to anti-EGR therapy are not effective. Better methods for patient stratification are needed. To this end we have developed an approach which can determine both absolute EGFR levels and the phosphorylation status of EGFR directly in formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) patient tissue. This approach is based on the Liquid Tissue®-SRM technology platform, a combination of tissue microdissection, Liquid Tissue® processing which turns dissected tissue to a complete solubilized tryptic digest, and mass spectrometry-based selected reaction monitoring (SRM). This approach was used to measure the EGFR protein and its phosphorylation status in formalin fixed tissue culture cells, xenograft tumors, and patient tumor tissue. For assay development, 3 distinct tryptic peptides were assessed for absolute protein quantitation and multiple peptides where specific residues are known to become phosphorylated (pT693 and pY1197) were assessed for assaying the phosphorylation status of the EGFR protein. We demonstrate the ability to detect and quantify the EGFR protein and to monitor its phosphorylation status directly in patient tumor tissue. This approach offers a dynamic range and quantification which is superior to traditional IHC methods, and that could be used to identify and stratify patients most likely to benefit from anti-EGFR therapies. Citation Format: {Authors}. {Abstract title} [abstract]. In: Proceedings of the 101st Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2010 Apr 17-21; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2010;70(8 Suppl):Abstract nr 3753.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».