Direct Streptococcus pneumoniae real-time PCR serotyping from pediatric parapneumonic effusions
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: To determine the serotypes of Streptococcus pneumoniae responsible for pneumonia complicated by parapneumonic effusion in children, we performed real-time PCR based pneumococcal "serotyping" directly on parapneumonic fluid samples. METHODS: Specimens were collected at two children's hospitals in Ontario, Canada from 2009 to 2011. Samples in which S. pneumoniae was detected by PCR were tested with serotype-specific 5'exonuclease PCR assays for the 13 serotypes contained in the 13-serotype pneumococcal vaccine. RESULTS: Thirty-five S. pneumoniae PCR-positive pleural samples were studied. Pneumococcal serotyping PCR assays were positive for 34 of 35 (97%). Serotype 3 was detected most frequently, in 19/35 (54%), followed by serotype 19A in 9/35 (26%), serotype 7 F/A in 4/35 (11%), serotype 1 in 1/35 (3%), and serotype 6A also in 1/35 (3%). CONCLUSIONS: PCR testing demonstrated that the vast majority (97%) of S. pneumoniae parapneumonic effusions were caused by serotypes present in the 13-serotype vaccine that were not present in the original 7 serotype vaccine. This suggests that use of the 13-serotype vaccine could potentially prevent many S. pneumoniae pneumonias complicated by parapneumonic effusion in our region, provided serotype replacement does not occur.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».