Modifying the OPLS‐AA force field to improve hydration free energies for several amino acid side chains using new atomic charges and an off‐plane charge model for aromatic residues
Notice bibliographique
Résumé
The hydration free energies of amino acid side chains are an important determinant of processes that involve partitioning between different environments, including protein folding, protein complex formation, and protein-membrane interactions. Several recent papers have shown that calculated hydration free energies for polar and aromatic residues (Trp, His, Tyr, Asn, Gln, Asp, Glu) in several common molecular dynamics force fields differ significantly from experimentally measured values. We have attempted to improve the hydration energies for these residues by modifying the partial charges of the OPLS-AA force field based on natural population analysis of density functional theory calculations. The resulting differences between calculated hydration free energies and experimental results for the seven side chain analogs are less than 0.1 kcal/mol. Simulations of the synthetic Trp-rich peptide Trpzip2 show that the new charges lead to significantly improved geometries for interacting Trp-side chains. We also investigated an off-plane charge model for aromatic rings that more closely mimics their electronic configuration. This model results in an improved free energy of hydration for Trp and a somewhat altered benzene-sodium potential of mean force with a more favorable energy for direct benzene-sodium contact.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».