Resolution and Characterization of Distinct cpn60-Based Subgroups of Gardnerella vaginalis in the Vaginal Microbiota
Notice bibliographique
Résumé
Bacterial vaginosis (BV), characterized by a shift of the vaginal microbiota from a Lactobacillus-dominated community to a dense biofilm containing a complex mixture of organisms, is an important risk factor in poor reproductive health outcomes. The Nugent score, based on Gram stain, is used to diagnose BV and Gardnerella vaginalis abundance in the sample is one factor determining Nugent score. A high Nugent score is indicative of BV but does not always correspond to the presence of clinical symptoms. G. vaginalis is recognized as a heterogeneous group of organisms, which can also be part of the normal, healthy vaginal microbiome. In addition, asymptomatic BV and non-Gardnerella types of BV are being recognized. In an attempt to resolve the heterogeneous group of G. vaginalis, a phylogenetic tree of cpn60 universal target sequences from G. vaginalis isolates was constructed that indicates the existence of four subgroups of G. vaginalis. This subdivision, supported by whole genome similarity calculation of representative strains using JSpecies, demonstrates that these subgroups may represent different species. The cpn60 subgroupings did not correspond with the Piot biotyping scheme, but did show consistency with ARDRA genotyping and sialidase gene presence. Isolates from all four subgroups produced biofilm in vitro. We also investigated the distribution of G. vaginalis subgroups in vaginal samples from Kenyan women with Nugent scores consistent with BV, Intermediate and Normal microbiota (n = 44). All subgroups of G. vaginalis were detected in these women, with a significant difference (z = -3.372, n = 39, p = 0.001) in frequency of G. vaginalis subgroup B between BV and Normal groups. Establishment of a quantifiable relationship between G. vaginalis subgroup distribution and clinical status could have significant diagnostic implications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».