Non-homologous End Joining Requires That the DNA-PK Complex Undergo an Autophosphorylation-dependent Rearrangement at DNA Ends
Notice bibliographique
Résumé
Repair of chromosome breaks by non-homologous end joining requires the XRCC4-ligase IV complex, Ku, and the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs). DNA-PKcs must also retain kinase activity and undergo autophosphorylation at six closely linked sites (ABCDE sites). We describe here an end-joining assay using only purified components that reflects cellular requirements for both Ku and kinase-active DNA-PKcs and investigate the mechanistic basis for these requirements. A need for DNA-PKcs autophosphorylation is sufficient to explain the requirement for kinase activity, in part because autophosphorylation is generally required for end-joining factors to access DNA ends. However, DNA-PKcs with all six ABCDE autophosphorylation sites mutated to alanine allows access to ends through autophosphorylation of other sites, yet our in vitro end-joining assay still reflects the defectiveness of this mutant in cellular end joining. In contrast, mutation of ABCDE sites to aspartate, a phosphorylation mimic, supports high levels of end joining that is now independent of kinase activity. This is likely because DNA-PKcs with aspartate substitutions at ABCDE sites allow access to DNA ends while retaining affinity for Ku-bound ends and stabilizing recruitment of the XRCC4-ligase IV complex. Autophosphorylation at ABCDE sites thus apparently directs a rearrangement of the DNA-PK complex that ensures access to broken ends and joining steps are coupled together within a synaptic complex, making repair more accurate.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».