Gas phase noncovalent protein complexes that retain solution binding properties: Binding of xylobiose inhibitors to the β-1, 4 exoglucanase from <i>Cellulomonas fimi</i>
Notice bibliographique
Résumé
Tandem mass spectrometry has been used to compare gas-phase and solution binding of three small-molecule inhibitors to the wild type and three mutant forms of the catalytic domain of Cex, an enzyme that hydrolyses xylan and xylo-oligosaccharides. The inhibitors, xylobiosyl-deoxynojirimycin, xylobiosyl-isofagomine lactam, and xylobiosyl-isofagomine consist of a common distal xylose linked to different proximal aza-sugars. The three mutant forms of the enzyme contain the substitutions Asn44Ala, Gln87Met, and Gln87Tyr that alter the binding interactions between Cex and the distal sugar of each inhibitor. An electrospray ionization (ESI) triple quadrupole MS/MS system is used to measure the internal energies, DeltaE(int), that must be added to gas-phase ions to cause dissociation of the noncovalent enzyme-inhibitor complexes. Collision cross sections of ions of the apo-enzyme and enzyme-inhibitor complexes, which are required for the calculations of DeltaE(int), have also been measured. The results show that, in the gas phase, enzyme-inhibitor complexes have more compact, folded conformations than the corresponding apo-enzyme ions. With the mutant enzymes, the effects of substituting a single residue can be detected. The energies required to dissociate the gas-phase complexes follow the same trend as the values of DeltaG0 for dissociation of the complexes in solution. This trend is observed both with different inhibitors, which probe binding to the proximal sugar, and with mutants of Cex, which probe binding to the distal sugar. Thus the gas-phase complexes appear to retain much of their solution binding characteristics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».