DNA methylation polymorphism in annual wild soybean (<i>Glycine soja</i> Sieb. et Zucc.) and cultivated soybean (<i>G. max</i> L. Merr.)
Notice bibliographique
Résumé
To study DNA methylation polymorphism in soybean, 20 and 27 lines of annual wild and cultivated soybeans, respectively, were selected from previously established “Soybean Core Collections in China”, and subjected to methylation-sensitive amplified polymorphism (MSAP) analysis. Twenty-seven primer pairs generated 984 CG/CNG methylation sites across the 47 lines, and the data were dissected into methylation-sensitive (MS) and methylation-insensitive(MIS) polymorphisms. The calculated MSP vs. MISP for wild soybeans were 34.65 vs. 34.76%, while corresponding results for the cultivated soybeans were 47.05 vs. 47.15%, indicating higher levels of MSP and MISP in cultivated than in wild soybeans. These results were incongruent with the amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis of the same soybean lines, and suggested enhanced DNA methylation polymorphism due to human selection. All three markers, MSP, MISP and AFLP, enabled clustering of the soybean lines into two distinct groups each predominantly containing wild or cultivated ones. Homology search indicated that 12 out of 24 sequenced MSPs had significant similarities to known-function or predicated genes, suggesting possible functional relevance of the methylation polymorphism. No significant association between MSP and MISP or MSP and AFLP was detected. Our results suggest that DNA methylation polymorphism in soybean has been under both natural and human selections, implicating possible roles of this epigenetic modification in genome evolution and domestication.Key words: Annual wild soybean (Glycine soja), cultivated soybean (G. max), DNA methylation polymorphism, epigenetic variation, evolution, domestication
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».