Comparative genomic analysis of Korean and Japanese green tea trees by using molecular markers
Notice bibliographique
Résumé
Although green tea is one of the most popular beverages in many countries, the evolutionary origin of Korean and Japanese green tea trees has not been extensively elucidated in a molecular level. Lineages of the five Korean green tea populations and cultivars growing in Hadong area were examined in comparison with the six Japanese and one Chinese cultivars using phylogenetic analysis and restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis with cleaved amplified polymorphic sequence (CAPS) markers. Molecular phylogenetic analyses using the non-transcribed region (NTS) region of the 5S rRNA suggested that the Korean Hadong cultivar was a minor variant of the Korean Hadong Cheon-nyeon wild tea plant, which has grown in the Hadong area more than 800 years. RFLP analysis with CAPS markers of the genes in phenylpropanoid biosynthetic pathway showed that all of the Korean Hadong wild tea populations and cultivar had unique polymorphism patterns, when compared with those of the six Japanese and one Chinese cultivars. In addition, Hadong Cheon-nyeon wild tea showed unique CAPS patterns in the phenylalanine ammonia-lyase (PAL) locus, indicating that the three CAPS markers in the PAL gene are sufficient to distinguish Hadong Cheon-nyeon wild tea from the others. Thus, our genetic analyses suggested that the Korean Hadong Cheon-nyeon wild tea plant might have evolved as a different lineage from the other wild green tea populations in the Hadong area or the Japanese tea cultivars. Key words: Restriction fragment length polymorphism, cleaved amplified polymorphic sequence marker, green tea, Hadong wild tea, evolutionary origin
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».