Interstrand Cross-Link Induction by UV Radiation in Bromodeoxyuridine-Substituted DNA: Dependence on DNA Conformation
Notice bibliographique
Résumé
DNA interstrand cross-links (ICL) can be induced both by natural products (e.g., psoralens with UVA) and by chemical agents, some of which are used in chemotherapy (e.g., Carboplatin and mitomycin C). Here, we report the formation of ICL by UV radiation in brominated DNA, but only for very specific conformations. The quantum yields for strand break and cross-link formation depend on the wavelength with a maximum near 280 nm. It is known that the photosensitization of DNA by bromodeoxyuridine (BrdUrd) results mainly from the electron affinity of bromine, leading to the irreversible formation of 2'-deoxyuridin-5-yl radicals (dUrd*) upon the addition of an electron from an adjacent adenosine. It is well documented that the photolytic loss of the bromine atom is greatly suppressed in single-stranded DNA versus that in double-stranded DNA. To study this behavior, we have used two models of BrdUrd-mediated sensitization: one consists of a DNA duplex containing a bulge, formed by five mismatched bases, including the BrdUrd, and the other consists of completely duplex DNA. UV irradiation induces much higher levels of single-strand breaks (ssb) in the completely duplex DNA at the BrdUrd site compared to the DNA with a bulge. However, in completely duplex DNA, ssb appear only in the brominated strand, whereas in the bulged duplex DNA, ssb occur on both strands. Most importantly, we also observe formation of interstrand cross-links in bulged duplex DNA in the BrdUrd region. Thus, we propose that UV irradiation of cells containing BrdUrd incorporated randomly into duplex DNA will create many ssb, whereas BrdUrd present in DNA bulges or open regions in double-stranded DNA (transcription bubbles, replication forks) will lead to potentially lethal damage in both strands in the form of ICL. These findings may help explain the potent clinical antiviral activity of IdUrd and BrdUrd (e.g., IdUrd is used to treat eye infections caused by the herpes virus) and suggest that ICL formation may be a very specific probe for identifying single-stranded regions in the DNA of living cells. In addition, this model system provides an excellent means of introducing ICL for studies on their repair and biological consequences.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».