Differential methylation in visceral adipose tissue of obese men discordant for metabolic disturbances
Notice bibliographique
Résumé
Obesity is associated with an increased risk of Type 2 diabetes and cardiovascular diseases (CVD). The severely obese population is heterogeneous regarding CVD risk profile. Our objective was to identify metabolic pathways potentially associated with development of metabolic syndrome (MetS) through an analysis of overrepresented pathways from differentially methylated genes between severely obese men with (MetS+) and without (MetS-) the MetS. Genome-wide quantitative DNA methylation analysis in VAT of severely obese men was carried out using the Infinium HumanMethylation450 BeadChip. Differences in methylation levels between MetS+ (n = 7) and MetS- (n = 7) groups were tested. Overrepresented pathways from the list of differentially methylated genes were identified and visualized with the Ingenuity Pathway Analysis system. Differential methylation analysis between MetS+ and MetS- groups identified 8,578 methylation probes (3,258 annotated genes) with significant differences in methylation levels (false discovery rate-corrected DiffScore ≥ |13| ∼ P ≤ 0.05). Pathway analysis from differentially methylated genes identified 41 overrepresented (P ≤ 0.05) pathways. The most overrepresented pathways were related to structural components of the cell membrane, inflammation and immunity and cell cycle regulation. This study provides potential targets associated with adipose tissue dysfunction and development of the MetS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».