Residue 315 regulates V3 exposure and V3 antibody recognition on HIV subtype B and C viruses
Notice bibliographique
Résumé
V3 mAbs often neutralize HIV subtype B viruses but exhibit poor neutralizing activity against subtype C viruses. This limited activity is typically attributed to masking of the V3 region on subtype C viruses. However, while relatively much effort has been devoted to exploring accessibility of the V3 region on subtype B viruses, V3 exposure and the mechanism(s) that might restrict V3 exposure on subtype C viruses has yet to be understood. Here we have focused on exploring the significance of the conserved V3 tip motifs GPGR and GPGQ of subtype B and C viruses for antibody recognition. Position 315 in representative subtype B (SS1196) and subtype C viruses (ZM249M, CAP45) was switched to Gln and Arg, respectively, to assess the effect of the conserved Arg/Gln at position 315 on V3-specific neutralization. Neutralization sensitivities of the parental and mutant viruses were assessed in a single-round pseudovirus neutralization assay using a panel of neutralizing V3-specific mAbs with varying fine specificities for the V3 tip. Subtype B virus SS1196 was neutralized by all V3-specific mAbs tested here (B4e8, 2219, 268-D, 2557, 3074 and HGN194). In contrast, though as expected, mutant SS1196_R315Q was resistant to neutralization by mAbs B4e8 and 268-D, both of which require the Arg at position 315 for binding. Unexpectedly, the remaining V3 mAbs were also unable to neutralize SS1196_R315Q, despite not requiring an Arg residue at position 315 for binding. For the subtype C viruses the exact opposite was observed; both ZM249M and CAP45 were generally insensitive to antibody neutralization yet the Q315R mutants were strikingly sensitive. The results suggest that V3 may be more accessible to antibody than previously appreciated in at least some subtype C viruses. However, the data also suggest that a Gln at position 315 modulates exposure of V3. Further elucidation of this mechanism is underway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».