Practical Calculation of Molecular Acidity with the Aid of a Reference Molecule
Notice bibliographique
Résumé
A set of linear free energy models are presented for determining the pK(a) values of amines, alcohols, and carboxylic acids. Models are determined from a series of pK(a) predictors, taken both from traditional natural atomic orbital analysis (NAO) and from a novel approach introduced here of using a reference molecule: an ammonium ion for amines and a hydrogen sulfide molecule for alcohols and carboxylic acids. Using these reference molecules, we calculate the barrier to proton transfer and show that a number of properties associated with the transition state are correlated with the pK(a). By considering 38 predictors, we obtain a four-variable model for amines and a three-variable model for oxygen-containing compounds. The model for amines is based on 145 compounds and has a root mean squared error (RMSE) of 0.45 and R(2) = 0.98. The oxygen set has 48 molecules: RMSE = 0.26, and R(2) = 0.993. Similar, linear, and multilinear models are constructed after separating the sets into chemically similar categories: alcohols, carboxylic acids, and primary, secondary, tertiary, and aromatic amines. This separation gives simpler models with relatively low RMSE values, where the most important predictor of the pK(a) is the difference in energy between transferring the proton from the reference molecular base to the conjugate acid from the data set.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».