Toxinotyping of necrotic enteritis-producing and commensal isolates of<i>Clostridium perfringens</i>from chickens fed organic diets
Notice bibliographique
Résumé
The present study determined the effect of Clostridium perfringens isolates taken from necrotic enteritis (NE) outbreaks on organic farms in a NE virulence testing model. Thirteen strains were isolated in the course of the study. Six C. perfringens field isolates were taken from a naturally occurring NE outbreak on an organic farm. Polymerase chain reaction toxinotyping was used to establish C. perfringens strains, as well as to create a toxin profile. All field isolates were found to be type A and positive for alpha, beta-2 and netB toxin genes. During the NE virulence model, digesta samples were collected before oral inoculation to define the C. perfringens found as part of the natural flora. Three of the five natural flora isolates were found to be C. perfringens type E while the other two isolates were type A; only four of five isolates were positive for either netB or beta-2 toxin genes. Two isolates collected after inoculation were C. perfringens type A positive for cpb2 and netB. All isolates were tested positive for the quorum-sensing-related gene luxS, regardless of the strain source. The presence of luxS, alpha, netB and beta-2 toxin genes seems not to be a determinant of the disease as they were present in isolates from both outbreak birds as well as healthy and pre-inoculated birds. The C. perfringens field isolates induced mild NE lesions in one-half of the birds during the challenge study. Other mechanisms must play a role in the development of the disease beyond toxinotype, potentially including intestinal ecology and health, which would account for acute disease as seen in the field outbreak.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».