Association Analysis Reveals Genetic Variation Altering Bleomycin-Induced Pulmonary Fibrosis in Mice
Notice bibliographique
Résumé
Pulmonary fibrosis is a disease of significant morbidity, with an incompletely defined genetic basis. Here, we combine linkage and association studies to identify genetic variations associated with pulmonary fibrosis in mice. Mice were treated with bleomycin by osmotic minipump, and pulmonary fibrosis was histologically assessed 6 weeks later. Fibrosis was mapped in C57BL6/J (fibrosis-susceptible) × A/J (fibrosis-resistant) F2 mice, and the major identified linkage intervals were evaluated in consomic mice. Genome-wide and linkage-interval genes were assessed for their association with fibrosis, using phenotypic data from 23 inbred strains and the murine single-nucleotide polymorphism map. Susceptibility to pulmonary fibrosis mapped to a locus on chromosome 17, which was verified with consomic mice, and to three additional suggestive loci that may interact with alleles on chromosome 17 to affect the trait in F2 mice. Two of the loci, including the region on chromosome 17, are homologous to previously mapped loci of human idiopathic fibrosis. Of the 23 phenotyped murine strains, four developed significant fibrosis, and the majority presented minimal disease. Genome-wide and linkage region-specific association studies revealed 11 pulmonary expressed genes (including the autophagy gene Cep55, and Masp2, which is a complement component) to contain polymorphisms significantly associated with bleomycin-induced fibrotic lung disease. In conclusion, genomic approaches were used to identify linkage intervals and specific genetic variations associated with pulmonary fibrosis in mice. The common loci and similarities in phenotype suggest these findings to be of relevance to clinical pulmonary fibrosis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».