Use of conformationally restricted pyridinium α-D-<i>N</i>-acetylneuraminides to probe specificity in bacterial and viral sialidases
Notice bibliographique
Résumé
Investigations into subtle changes in the catalytic activity of sialidases have been performed using enzymes from several different origins, and their results have been compared. This work highlights the potential pitfalls encountered when extending conclusions derived from mechanistic studies on a single enzyme even to those with high-sequence homology. Specifically, a panel of 5 pyridinium N-acetylneuraminides were used as substrates in a study that revealed subtle differences in the catalytic mechanisms used by 4 different sialidase enzymes. The lowest reactivity towards the artificial (pyridinium) substrates was displayed by the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase. Moreover, in reactions involving aryl N-acetylneuraminides, the activity of the Newcastle enzyme was competitively inhibited by the 3,4-dihydro-2H-pyrano[3,2-c]pyridinium compound with a Ki = 58 micromol/L. Alternatively, the 3 bacterial enzymes tested, from Salmonella typhimurium, Clostridium perfringens, and Vibrio cholerae, were catalytically active against all members of the panel of substrates. Based on the observed effect of leaving-group ability, it is proposed that the rate-determining step for kcat (and likely for kcat/Km as well) with each bacterial enzyme is as follows: sialylation, which is concerted with conformational change for V. cholerae; and conformational change for S. typhimurium and C. perfringens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».