A Comparative Mitogenomic Analysis of the Potential Adaptive Value of Arctic Charr mtDNA Introgression in Brook Charr Populations (Salvelinus fontinalis Mitchill)
Notice bibliographique
Résumé
Wild brook charr populations (Salvelinus fontinalis) completely introgressed with the mitochondrial genome (mtDNA) of arctic charr (Salvelinus alpinus) are found in several lakes of northeastern Québec, Canada. Mitochondrial respiratory enzymes of these populations are thus encoded by their own nuclear DNA and by arctic charr mtDNA. In the present study we performed a comparative sequence analysis of the whole mitochondrial genome of both brook and arctic charr to identify the distribution of mutational differences across these two genomes. This analysis revealed 47 amino acid replacements, 45 of which were confined to subunits of the NADH dehydrogenase complex (Complex I), one in the cox3 gene (Complex IV), and one in the atp8 gene (Complex V). A cladistic approach performed with brook charr, arctic charr, and two other salmonid fishes (rainbow trout [Oncorhynchus mykiss] and Atlantic salmon [Salmo salar]) revealed that only five amino acid replacements were specific to the charr comparison and not shared with the other two salmonids. In addition, five amino acid substitutions localized in the nad2 and nad5 genes denoted negative scores according to the functional properties of amino acids and, therefore, could possibly have an impact on the structure and functional properties of these mitochondrial peptides. The comparison of both brook and arctic charr mtDNA with that of rainbow trout also revealed a relatively constant mutation rate for each specific gene among species, whereas the rate was quite different among genes. This pattern held for both synonymous and nonsynonymous nucleotide positions. These results, therefore, support the hypothesis of selective constraints acting on synonymous codon usage.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».