Site Specific Phosphorylation of Insulin-Like Growth Factor Binding Protein-1 (IGFBP-1) for Evaluating Clinical Relevancy in Fetal Growth Restriction
Notice bibliographique
Résumé
Fetal growth restriction (FGR) is a leading cause of fetal and neonatal morbidity and mortality. Insulin-like growth factor binding protein-1 (IGFBP-1) is one of the major insulin-like growth factor (IGF) binding proteins involved in fetal growth and development. Our recent data shows that phosphorylation of IGFBP-1 carries both functional and biological relevance in FGR. Considering that IGFBP-1 phosphorylation can be valuable in diagnostics, we examined strategies to enrich IGFBP-1 so that its phosphorylation sites could be assessed by mass spectrometry (MS). Using <1 mL of human amniotic fluid, widely employed immunoprecipitation with IGFBP-1 monoclonal antibody (Mab 6303) coenriched IgGs that interfered with MS. Covalent coupling of Mab 6303 with Seize immunoprecipitation resin (Pierce) mitigated this drawback. However, LC-MS/MS analysis with the titanium dioxide (TiO(2)) enriched IGFBP-1 phosphopeptides in the immunoprecipitated samples revealed pSer101 and pSer119, but not pSer169 nor pSer98 of the previously identified phosphorylation sites. The alternative, ZOOM isoelectric focusing (IEF) (Invitrogen) rendered low-IGFBP-1 recovery with overlapping albumin. Subsequently, depletion of albumin using Affi-GelBlue gel (Bio-Rad) maximized IGFBP-1 yield. ELISA estimation showed approximately 8.5% residual albumin (3.73 x 10(5) +/- 2.35 x 10(5) ng/mL), whereas up to approximately 68% IGFBP-1 was recovered (1.36 x 10(3) +/- 0.174 x 10(3) microg/L, IEMA). LC-MS/MS analysis with the albumin depleted samples detected all four expected phosphorylation sites. Additionally, LC-MS analysis semiquantitatively indicated much reduced phosphopeptide peak intensities, approximately 20-fold with pSer169 and approximately 10-fold lower with pSer98 sites as compared to pSer101. With the use of our depletion strategy, this study offers a novel simple proteomic approach to enrich IGFBP-1 for identification of site-specific changes in IGFBP-1 phosphorylation. This strategy will be vital in performing differential IGFBP-1 phosphorylation profiling clinically, to help establish its link with FGR and develop diagnostic assays, as well as elucidating novel mechanisms potentially involved in regulation of fetal growth.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,012 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».