Site Specific Phosphorylation of Insulin-Like Growth Factor Binding Protein-1 (IGFBP-1) for Evaluating Clinical Relevancy in Fetal Growth Restriction
Notice bibliographique
Résumé
Fetal growth restriction (FGR) is a leading cause of fetal and neonatal morbidity and mortality. Insulin-like growth factor binding protein-1 (IGFBP-1) is one of the major insulin-like growth factor (IGF) binding proteins involved in fetal growth and development. Our recent data shows that phosphorylation of IGFBP-1 carries both functional and biological relevance in FGR. Considering that IGFBP-1 phosphorylation can be valuable in diagnostics, we examined strategies to enrich IGFBP-1 so that its phosphorylation sites could be assessed by mass spectrometry (MS). Using <1 mL of human amniotic fluid, widely employed immunoprecipitation with IGFBP-1 monoclonal antibody (Mab 6303) coenriched IgGs that interfered with MS. Covalent coupling of Mab 6303 with Seize immunoprecipitation resin (Pierce) mitigated this drawback. However, LC-MS/MS analysis with the titanium dioxide (TiO(2)) enriched IGFBP-1 phosphopeptides in the immunoprecipitated samples revealed pSer101 and pSer119, but not pSer169 nor pSer98 of the previously identified phosphorylation sites. The alternative, ZOOM isoelectric focusing (IEF) (Invitrogen) rendered low-IGFBP-1 recovery with overlapping albumin. Subsequently, depletion of albumin using Affi-GelBlue gel (Bio-Rad) maximized IGFBP-1 yield. ELISA estimation showed approximately 8.5% residual albumin (3.73 x 10(5) +/- 2.35 x 10(5) ng/mL), whereas up to approximately 68% IGFBP-1 was recovered (1.36 x 10(3) +/- 0.174 x 10(3) microg/L, IEMA). LC-MS/MS analysis with the albumin depleted samples detected all four expected phosphorylation sites. Additionally, LC-MS analysis semiquantitatively indicated much reduced phosphopeptide peak intensities, approximately 20-fold with pSer169 and approximately 10-fold lower with pSer98 sites as compared to pSer101. With the use of our depletion strategy, this study offers a novel simple proteomic approach to enrich IGFBP-1 for identification of site-specific changes in IGFBP-1 phosphorylation. This strategy will be vital in performing differential IGFBP-1 phosphorylation profiling clinically, to help establish its link with FGR and develop diagnostic assays, as well as elucidating novel mechanisms potentially involved in regulation of fetal growth.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».