Site-directed Mutagenesis and Kinetic Studies of the West Nile Virus NS3 Protease Identify Key Enzyme-Substrate Interactions
Notice bibliographique
Résumé
The flavivirus West Nile virus (WNV) has spread rapidly throughout the world in recent years causing fever, meningitis, encephalitis, and fatalities. Because the viral protease NS2B/NS3 is essential for replication, it is attracting attention as a potential therapeutic target, although there are currently no antiviral inhibitors for any flavivirus. This paper focuses on elucidating interactions between a hexapeptide substrate (Ac-KPGLKR-p-nitroanilide) and residues at S1 and S2 in the active site of WNV protease by comparing the catalytic activities of selected mutant recombinant proteases in vitro. Homology modeling enabled the predictions of key mutations in WNV NS3 protease at S1 (V115A/F, D129A/E/N, S135A, Y150A/F, S160A, and S163A) and S2 (N152A) that might influence substrate recognition and catalytic efficiency. Key conclusions are that the substrate P1 Arg strongly interacts with S1 residues Asp-129, Tyr-150, and Ser-163 and, to a lesser extent, Ser-160, and P2 Lys makes an essential interaction with Asn-152 at S2. The inferred substrate-enzyme interactions provide a basis for rational protease inhibitor design and optimization. High sequence conservation within flavivirus proteases means that this study may also be relevant to design of protease inhibitors for other flavivirus proteases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».