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Enregistrement W2001504532 · doi:10.1001/archotol.133.9.910

A Cell Proteomic Approach for the Detection of Secretable Biomarkers of Invasiveness in Oral Squamous Cell Carcinoma

2007· article· en· W2001504532 sur OpenAlexaff
Alex Mlynarek, Richard L. Balys, Jie Su, Michael Hier, Martin J. Black, Moulay A. Alaoui‐Jamali

Notice bibliographique

RevueArchives of Otolaryngology - Head and Neck Surgery · 2007
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced Proteomics Techniques and Applications
Établissements canadiensJewish General Hospital
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésMatrigelBiologyCell cultureCellCancer researchCancerProteomicsPathologyMolecular biologyCell biologyMedicineBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: To identify potential biomarkers of invasiveness in oral squamous cell carcinoma. DESIGN: A pilot proteomic study for the identification of secreted and cleaved proteins that can serve as potential biomarkers for head and neck carcinoma invasiveness. SUBJECTS: Two primary cell lines and their variants were established from 2 oral squamous cell carcinoma human tissue samples with distinct invasive phenotypes. The cell lines were confirmed to maintain the invasive capacity of the original cancer when implanted into the tongues of immunocompromised RAG-2/gamma(c) mice. INTERVENTIONS: Invasiveness was assessed by the capacity of cells to invade through a matrigel matrix using the Boyden chamber assay and correlated with the invasiveness seen clinically and histologically in patients. In parallel, cell lines were grown in serum-free conditioned medium, which was then used to identify secreted and/or cleaved proteins that emanate from cancer cells, using 2-dimensional gel electrophoresis and matrix-assisted laser desorption-ionization combined with tandem mass spectrometry. RESULTS: The invasion assays revealed a correlation between cell migration capacity through matrigel matrix and the aggressive phenotype seen in the clinical and histopathological assessments. More than 50 proteins were identified as being differentially secreted in media between the least and the more aggressive cell lines (P < .05). These include proteins that regulate cell metabolism, cell structure, cell adhesion, and cell motility, as well as proteins with undefined function. CONCLUSIONS: We report a sensitive and clinically relevant approach to screen for secreted biomarkers of oral squamous cell carcinoma invasiveness using proteomic technology. Both high- and low-abundant secreted proteins were identified and can represent potential biomarkers for oral cancer.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,119
Score d'incertitude au seuil0,460

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,247
Écart entre enseignants0,231 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations23
Publié2007
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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