Idiopathic pneumonia syndrome after hematopoietic cell transplantation: evidence of occult infectious etiologies
Notice bibliographique
Résumé
Newer diagnostic methods may link more idiopathic pneumonia syndrome (IPS) cases to an infectious agent. Bronchoalveolar lavage (BAL) samples from 69 hematopoietic cell transplant (HCT) recipients with IPS diagnosed between 1992 and 2006 were tested for 28 pathogens (3 bacteria and 25 viruses) by quantitative polymerase chain reaction and for Aspergillus by galactomannan assay. Research BALs from 21 asymptomatic HCT patients served as controls. Among 69 HCT patients with IPS, 39 (56.5%) had a pathogen detected. The most frequent pathogens were human herpesvirus-6 (HHV-6) (N = 20 [29%]) followed by human rhinovirus (HRV), cytomegalovirus (CMV), and Aspergillus (N = 8 [12%] in each). HHV-6 and HRV were rarely detected in controls, whereas CMV and Aspergillus were occasionally detected with low pathogen load. Patients with pathogens had worse day-100 survival than those without (hazard ratio, 1.88; P = .03). Mortality in patients with only pathogens of "uncertain" significance in lung was similar to that in patients with pathogens of "established" significance. Metagenomic next-generation sequencing did not reveal additional significant pathogens. Our study demonstrated that approximately half of patients with IPS had pathogens detected in BAL, and pathogen detection was associated with increased mortality. Thus, an expanded infection detection panel can significantly increase the diagnostic precision for idiopathic pneumonia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».