Direct cloning of genes encoding novel xylanases from the human gut
Notice bibliographique
Résumé
The aim of this study was to identify a novel 1,4-beta-xylanase gene from the mixed genome DNA of human fecal bacteria without bacterial cultivation. Total DNA was isolated from a population of bacteria extracted from fecal microbiota. Using PCR, the gene fragments encoding 5 different family 10 xylanases (xyn10A, xyn10B, xyn10C, xyn10D, and xyn10E) were found. Amino acid sequences deduced from these genes were highly homologous with those of xylanases from anaerobic intestinal bacteria such as Bacteroides spp. and Prevotella spp. Self-organizing map (SOM) analysis revealed that xynA10 was classified into Bacteroidetes. To confirm that one of these genes encodes an active enzyme, a full-length xyn10A gene was obtained using nested primers specific to the internal fragments and random primers. The xyn10A gene encoding the xylanase Xyn10A consists of 1146 bp and encodes a protein of 382 amino acids and a molecular weight of 43,552. Xyn10A was a single module novel xylanase. Xyn10A was purified from a recombinant Escherichia coli strain and characterized. This enzyme was optimally active at 40 degrees C and stable up to 50 degrees C at pH 6.5 and over the pH range 4.0-11.0 at 25 degrees C. In addition, 2 ORFs (ORF1 and ORF2) were identified upstream of xyn10A. These results suggested that many unidentified xylanolytic bacteria exist in the human gut and may contribute to the breakdown of xylan which contains dietary fiber.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».