Do antiviral CD8+ T cells select hepatitis C virus escape mutants? Analysis in diverse epitopes targeted by human intrahepatic CD8+ T lymphocytes
Notice bibliographique
Résumé
Hepatitis C virus (HCV) is a variable RNA virus that can readily establish persistent infection. Cellular immune responses are important in the early control of the virus. Evidence from animal models suggests that mutation in epitopes recognized by CD8+ T lymphocytes may play an important role in the establishment of persistence but in human persistent infection, equivalent evidence is lacking. We investigated this by analysing a unique resource: viruses from a set of chronically HCV-infected individuals in whom the CD8+ T-cell responses in liver had previously been accurately mapped. Virus was sequenced in seven individuals at 10 epitopes restricted by 10 human leucocyte antigen (HLA) molecules. Two main patterns emerged: in the majority of epitopes sequenced, no variation was seen. In three epitopes, mutations were identified which were compatible with immune escape as assessed using phylogenetic and/or functional studies. These data suggest that - even where specific intrahepatic T cells are detectable - many epitopes do not undergo mutation in chronic human infection. On the contrary, virus may escape from intrahepatic CD8+ T-cell responses in a 'patchy' manner in certain specific epitopes. Furthermore, longitudinal studies to identify the differences between 'selecting' and 'nonselecting' intrahepatic CD8+ T-cell responses are needed in HCV infection.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».