Evolutionarily conserved and non-conserved retrovirus restriction activities of artiodactyl APOBEC3F proteins
Notice bibliographique
Résumé
The APOBEC3 proteins are unique to mammals. Many inhibit retrovirus infection through a cDNA cytosine deamination mechanism. HIV-1 neutralizes this host defense through Vif, which triggers APOBEC3 ubiquitination and degradation. Here, we report an APOBEC3F-like, double deaminase domain protein from three artiodactyls: cattle, pigs and sheep. Like their human counterparts, APOBEC3F and APOBEC3G, the artiodactyl APOBEC3F proteins are DNA cytosine deaminases that locate predominantly to the cytosol and can inhibit the replication of HIV-1 and MLV. Retrovirus restriction is attributable to deaminase-dependent and -independent mechanisms, as deaminase-defective mutants retain significant anti-retroviral activity. However, unlike human APOBEC3F and APOBEC3G, the artiodactyl APOBEC3F proteins have an active N-terminal DNA cytosine deaminase domain, which elicits a broader dinucleotide deamination preference, and they are resistant to HIV-1 Vif. These data indicate that DNA cytosine deamination; sub-cellular localization and retrovirus restriction activities are conserved in mammals, whereas active site location, local mutational preferences and Vif susceptibility are not. Together, these studies indicate that some properties of the mammal-specific, APOBEC3-dependent retroelement restriction system are necessary and conserved, but others are simultaneously modular and highly adaptable.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».