The design, synthesis and evaluation of high affinity macrocyclic carbohydrate inhibitors
Notice bibliographique
Résumé
Carbohydrate-protein interactions have been investigated for a model system of a monoclonal antibody, SYA/J6, which binds a trisaccharide epitope of the O-polysaccharide of the Shigella flexneri variant Y lipopolysaccharide. The thermodynamics of binding for the methyl glycoside of the native trisaccharide epitope, Rha-Rha-GlcNAc () to SYA/J6 over a range of temperatures exhibits strong, linear enthalpy-entropy compensation and a negative heat capacity change (DeltaC(p)=-152 cal mol(-1) degree(-1)). At 293 K the free energy of association is the sum of favourable enthalpy and entropy contributions (DeltaH=-3.9 kcal mol(-1) and -TDeltaS=-2.9 kcal mol(-1)). Crystal structures for SYA/J6 Fab detailed the position of the native trisaccharide epitope, Rha-Rha-GlcNAc, and facilitated a strategy to design a tighter binding, low molecular weight ligand. This involved pre-organization of the native trisaccharide in its bound conformation by addition of intramolecular constraints (a beta-alanyl or glycinyl tether). ELISA measurements indicated that the glycinyl tethered trisaccharide was not an optimal candidate for further analysis, while microcalorimetry provided data showing that the beta-alanyl tethered trisaccharide displayed a 15-fold increase in affinity for SYA/J6. Tethering resulted in a favourable entropic contribution to binding, relative to the native trisaccharide (-TDeltaDeltaS=-1.2 kcal mol(-1)). Potential energy and dynamics calculations using the AMBER Plus force fields indicated that trisaccharide adopted a rigid conformation similar to that of the bound conformation of the native trisaccharide epitope. While this strategy resulted in modest free energy gains by minimizing losses due to conformational entropy, thermodynamic data are consistent with significant contributions from solvent reorganization.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».