Active and Passive Surveillance and Phylogenetic Analysis of <i>Borrelia burgdorferi</i> Elucidate the Process of Lyme Disease Risk Emergence in Canada
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Northward expansion of the tick Ixodes scapularis is driving Lyme disease (LD) emergence in Canada. Information on mechanisms involved is needed to enhance surveillance and identify where LD risk is emerging. OBJECTIVES: We used passive and active surveillance and phylogeographic analysis of Borrelia burgdorferi to investigate LD risk emergence in Quebec. METHODS: In active surveillance, we collected ticks from the environment and from captured rodents. B. burgdorferi transmission was detected by serological analysis of rodents and by polymerase chain reaction assays of ticks. Spatiotemporal trends in passive surveillance data assisted interpretation of active surveillance. Multilocus sequence typing (MLST) of B. burgdorferi in ticks identified likely source locations of B. burgdorferi. RESULTS: In active surveillance, we found I. scapularis at 55% of sites, and we were more likely to find them at sites with a warmer climate. B. burgdorferi was identified at 13 I. scapularis-positive sites, but infection prevalence in ticks and animal hosts was low. Low infection prevalence in ticks submitted in passive surveillance after 2004-from the tick-positive regions identified in active surveillance-coincided with an exponential increase in tick submissions during this time. MLST analysis suggested recent introduction of B. burgdorferi from the northeastern United States. CONCLUSIONS: These data are consistent with I. scapularis ticks dispersed from the United States by migratory birds, founding populations where the climate is warmest, and then establishment of B. burgdorferi from the United States several years after I. scapularis have established. These observations provide vital information for public health to minimize the impact of LD in Canada.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».