Multiple fossil calibrations, nuclear loci and mitochondrial genomes provide new insight into biogeography and divergence timing for true seals (Phocidae, Pinnipedia)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Aim To better understand the historical biogeography of the true seals, Phocidae, by combining nuclear DNA (nDNA) and mitochondrial DNA (mtDNA) in a divergence time analysis using multiple fossil calibrations. Location Arctic, Antarctic, Pacific and Atlantic Oceans, Lake Baikal, Caspian Sea. Methods Fifteen nuclear genes totalling 8935 bp plus near‐complete mitochondrial genome sequences were used in a Bayesian divergence time analysis, incorporating eight soft‐bound fossil calibrations across the phylogeny. All species of true seals were included, plus the walrus, three otariids and seven carnivore outgroups. The majority of the nuclear sequences and four phocid mitochondrial genomes (plus three non‐phocid mitochondrial genomes) were newly generated for this study using DNA extracted from tissue samples; other sequences were obtained from GenBank. Results Using multiple nuclear genes and multiple fossil calibrations resulted in most divergence time estimations within Phocidae being much more recent than predicted by other molecular studies incorporating only mtDNA and using a single calibration point. A new phylogenetic hypothesis was recovered for the Antarctic seals. Main conclusions Incorporating multiple nuclear genes and fossil calibrations had a profound effect on the estimated divergence times. Most estimated divergences within Phocinae (Arctic seals) correspond to Arctic oceanic events and all occur within the last 12 Myr, a time when the Arctic and Atlantic oceans were freely exchanging and perennial Arctic sea ice existed, indicating that the Arctic seals may have had a longer association with ice than previously thought. The Monachinae (‘southern’ seals) split from the Phocinae c. 15 Ma on the eastern US coast. Several early trans‐Atlantic dispersals possibly occurred, leaving no living descendants, as divergence estimates suggest that the Monachus (monk seal) species divergences occurred in the western Atlantic c. 6 Ma, with the Mediterranean monk seal ancestor dispersing afterwards. The tribes Lobodontini (Antarctic seals) and Miroungini (elephant seals) are also estimated to have diverged in the eastern Atlantic c. 7 Ma and a single Lobodontini dispersal to Antarctica occurred shortly afterwards. Many of the newly estimated dates are used to infer how extinct lineages/taxa are allied with their living relatives.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».