Pattern recognition receptor and autophagy gene variants are associated with development of antimicrobial antibodies in Crohnʼs disease
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: We sought to investigate whether variants in genes involved in bacterial sensing and autophagy (NOD2, TLR5, IRGM, ATG16L1) and the interleukin-23 signaling pathway (IL12B, IL23R, STAT3) were associated with development of antimicrobial antibodies in patients with Crohn's disease (CD). METHODS: A cohort of 616 CD patients from a tertiary referral hospital (Mount Sinai Hospital, Toronto) was evaluated. DNA was tested for three CD-associated NOD2 variants (3020insC, G908R, R702W), variants in IRGM, ATG16L1, IL12B, IL23R, STAT3, and a TLR5-stop mutation. Serum was analyzed by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for anti-Saccharomyces cerevisiae (ASCA) IgG and IgA, anti-outer membrane porin C (anti-ompC), anti-Cbir1 flagellin, and anti-Pseudomonas fluorescens (anti-I2). RESULTS: NOD2 3020insC was associated with cumulative seroreactivity by quartile sum (P = 0.003) and number of positive antibodies (P = 0.02). NOD2 G908R was also associated with quartile sum (P = 0.05). Increased ASCA seropositivity was associated with NOD2 3020insC (odds ratio [OR] = 1.9, P = 0.02) and G908R (OR = 1.8, P = 0.05), and ATG16L1 T300A (OR = 1.4, P = 0.01) variants; ASCA-positive patients had an increased cumulative number of NOD2 3020insC and ATG16L1 T300A variants (P = 0.007). TLR5-stop mutation abrogated development of anti-flagellin in a dominant-negative fashion (OR = 0.5, P = 0.009). The IRGM CD risk variant was associated with increased anti-flagellin seropositivity (OR = 1.5, P = 0.03). IL12B, IL23R, and STAT3 variants did not contribute to development of antimicrobial antibodies. CONCLUSIONS: Variants in innate immune genes involved in pattern recognition and autophagy but not the interleukin-23 signaling pathway influence antimicrobial seroreactivity in CD. In particular, the additive effect of NOD2 3020insC and ATG16L1 T300A suggests a role for autophagy in development of ASCA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».