Pattern recognition receptor and autophagy gene variants are associated with development of antimicrobial antibodies in Crohnʼs disease
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: We sought to investigate whether variants in genes involved in bacterial sensing and autophagy (NOD2, TLR5, IRGM, ATG16L1) and the interleukin-23 signaling pathway (IL12B, IL23R, STAT3) were associated with development of antimicrobial antibodies in patients with Crohn's disease (CD). METHODS: A cohort of 616 CD patients from a tertiary referral hospital (Mount Sinai Hospital, Toronto) was evaluated. DNA was tested for three CD-associated NOD2 variants (3020insC, G908R, R702W), variants in IRGM, ATG16L1, IL12B, IL23R, STAT3, and a TLR5-stop mutation. Serum was analyzed by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for anti-Saccharomyces cerevisiae (ASCA) IgG and IgA, anti-outer membrane porin C (anti-ompC), anti-Cbir1 flagellin, and anti-Pseudomonas fluorescens (anti-I2). RESULTS: NOD2 3020insC was associated with cumulative seroreactivity by quartile sum (P = 0.003) and number of positive antibodies (P = 0.02). NOD2 G908R was also associated with quartile sum (P = 0.05). Increased ASCA seropositivity was associated with NOD2 3020insC (odds ratio [OR] = 1.9, P = 0.02) and G908R (OR = 1.8, P = 0.05), and ATG16L1 T300A (OR = 1.4, P = 0.01) variants; ASCA-positive patients had an increased cumulative number of NOD2 3020insC and ATG16L1 T300A variants (P = 0.007). TLR5-stop mutation abrogated development of anti-flagellin in a dominant-negative fashion (OR = 0.5, P = 0.009). The IRGM CD risk variant was associated with increased anti-flagellin seropositivity (OR = 1.5, P = 0.03). IL12B, IL23R, and STAT3 variants did not contribute to development of antimicrobial antibodies. CONCLUSIONS: Variants in innate immune genes involved in pattern recognition and autophagy but not the interleukin-23 signaling pathway influence antimicrobial seroreactivity in CD. In particular, the additive effect of NOD2 3020insC and ATG16L1 T300A suggests a role for autophagy in development of ASCA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».