Building freshwater macroinvertebrate DNA-barcode libraries from reference collection material: formalin preservation vs specimen age
Notice bibliographique
Résumé
As part of its ongoing work in biomonitoring, Environment Canada’s Canadian Aquatic Biomonitoring Network (CABIN) program has assembled an expert-verified reference collection of 3864 specimens of 604 species of Canadian freshwater macroinvertebrates. Such collections are a key resource for developing a deoxyribonucleic acid (DNA) barcode library to facilitate molecular identification of biomonitoring samples. We examined the problems encountered in using such legacy material to obtain reference barcodes. We focused on the influence of specimen age and preservation history. To supplement work on the reference collection, we determined the time-dependent effects of formalin preservation on DNA-barcode integrity in 4 common arthropod taxa by controlled exposure of fresh material obtained from laboratory cultures. Specimens in the reference collection were preserved with short-term fixation in formalin followed by prolonged preservation in 70% ethanol. Only 19 caddisfly larval specimens out of the total of 650 analyzed returned full-length sequences. In contrast, formalin preservation of freshly collected material for up to 20 d yielded good sequencing success and high-quality sequences. Freshly collected material clearly provides the best basis for the future development of DNA-barcode libraries, and formalin preservation should be avoided where possible to ensure that DNA integrity is maximized.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».