Multidrug Resistance Is Common in Escherichia coli Associated with Ileal Crohnʼs Disease
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Escherichia coli is increasingly implicated in the pathogenesis of ileal Crohn's disease (ICD), offering a potential therapeutic target for disease management. Empirical antimicrobial targeting of ileal E. coli has advantages of economy and speed of implementation, but relies on uniform susceptibility of E. coli to routinely selected antimicrobials to avoid apparent treatment failure. Therefore, we examined the susceptibility of ileal E. coli to such antimicrobials. METHODS: E. coli from 32 patients with ICD and 28 with normal ileum (NI) were characterized by phylogroup, pathotype, antimicrobial susceptibility, and presence of antimicrobial resistance genes. RESULTS: In all, 17/32 ICD and 12/28 NI patients harbored ≥ 1 E. coli strain; 10/24 E. coli strains from ICD and 2/14 from NI were nonsuscepti-ble to ≥ 1 antimicrobial in ≥ 3 categories (multidrug-resistant). Resistance to amoxicillin/clavulanic-acid, cefoxitin, chloramphenicol, ciprofloxa-cin, gentamicin, and rifaximin was restricted to ICD, with 10/24 strains from 8/17 patients resistant to ciprofloxacin or rifaximin (P < 0.01). Adherent-invasive E. coli (AIEC) were isolated from 8/32 ICD and 5/28 NI, and accounted for 54% and 43% of E. coli strains in these groups. In all, 8/13 AIEC strains from ICD (6/8 patients) versus 2/6 NI (2/5 patients) showed resistance to the macrophage-penetrating antimicrobials ciprofloxacin, clarithromycin, rifampicin, tetracycline, and trimethoprim/sulfamethoxazole. Resistance was associated with tetA, tetB, tetC, bla-(TEM), bla(oxa)-1, sulI, sulII, dhfrI, dhfrVII, ant(3″)-Ia, and catI genes and prior use of rifaximin (P < 0.01). CONCLUSIONS: ICD-associated E. coli frequently manifest resistance to commonly used antimicrobials. Clinical trials of antimicrobials against E. coli in ICD that are informed by susceptibility testing, rather than empirical selection, are more likely to demonstrate valid outcomes of such therapy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».