Residual benzamide contamination in synthetic oligonucleotides observed using UV resonance Raman spectroscopy
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Spectroscopic methods based on Raman scattering have for many years employed synthetic oligonucleotides in a broad range of applications, either as probes or as model analytes for biophysical investigations. Benzamide is commonly used as a protecting group in the phosphoramidite synthesis of oligonucleotides and, while standard desalting used after synthesis yields sufficiently pure reagents for most assay reactions or other routine uses of the oligomer, it does not completely remove benzamide. We show that the 1609 cm −1 band of residual benzamide contamination can interfere with certain nucleic acid bands, particularly when using excitation wavelengths near 244 nm where the benzamide band is strongly enhanced. For example, the 1609 cm −1 band of benzamide could obscure (or be mistaken as) a weak vibration attributed to an NH 2 scissoring. The extent of benzamide contamination in desalted preparations varies considerably among different commercial sources, and hence caution is advised when making direct comparisons of ultraviolet Raman data of oligonucleotides from different sources. Copyright © 2010 John Wiley & Sons, Ltd.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».