Diverse genome structures of Salmonella paratyphi C
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Salmonella paratyphi C, like S. typhi, is adapted to humans and causes typhoid fever. Previously we reported different genome structures between two strains of S. paratyphi C, which suggests that S. paratyphi C might have a plastic genome (large DNA segments being organized in different orders or orientations on the genome). As many but not all host-adapted Salmonella pathogens have large genomic insertions as well as the supposedly resultant genomic rearrangements, bacterial genome plasticity presents an extraordinary evolutionary phenomenon. Events contributing to genomic plasticity, especially large insertions, may be associated with the formation of particular Salmonella pathogens. RESULTS: We constructed a high resolution genome map in S. paratyphi C strain RKS4594 and located four insertions totaling 176 kb (including the 90 kb SPI7) and seven deletions totaling 165 kb relative to S. typhimurium LT2. Two rearrangements were revealed, including an inversion of 1602 kb covering the ter region and the translocation of the 43 kb I-CeuI F fragment. The 23 wild type strains analyzed in this study exhibited diverse genome structures, mostly as a result of recombination between rrn genes. In at least two cases, the rearrangements involved recombination between genomic sites other than the rrn genes, possibly homologous genes in prophages. Two strains had a 20 kb deletion between rrlA and rrlB, which is a highly conservative region and no deletion has been reported in this region in any other Salmonella lineages. CONCLUSION: S. paratyphi C has diverse genome structures among different isolates, possibly as a result of large genomic insertions, e.g., SPI7. Although the Salmonella typhoid agents may not be more closely related among them than each of them to other Salmonella lineages, they may have evolved in similar ways, i.e., acquiring typhoid-associated genes followed by genome structure rearrangements. Comparison of multiple Salmonella typhoid agents at both single sequenced genome and population levels will facilitate the studies on the evolutionary process of typhoid pathogenesis, especially the identification of typhoid-associated genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».