Population genetic structure and demographic history of Pacific blue sharks (Prionace glauca) inferred from mitochondrial DNA analysis
Notice bibliographique
Résumé
Cosmopolitan pelagic species often show shallow genetic divergence and weak, or no, genetic structure across a species’ range. However, there have been few such genetic studies for pelagic sharks. The pelagic blue shark (Prionace glauca) has a broad circumglobal distribution in tropical and temperate oceans. To investigate the population genetic structure and demographic history of this species, we analysed variation in the mitochondrial cytochrome b sequence for a total of 404 specimens collected from 10 locations across the Indo-Pacific region. The observed genetic diversities were comparable among sampling locations (h = 0.77–0.87; p = 0.17–0.23%). Spatial analysis of molecular variance (SAMOVA), pairwise FST and conventional FST estimates, and analysis of isolation with migration indicated weak or no genetic differentiation of this species across the Indo-Pacific region. The results of three phylogeographic analyses (i.e. mismatch distribution and parsimony haplotype network analyses and a neutrality test) suggested that the Pacific blue shark had historically experienced a sudden population expansion. These results, coupled with the biological properties of this species, imply that historical climate fluctuation has had only a minor effect on the genetic structuring of the blue shark.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».