Exploring the limits of nucleobase expansion: computational design of naphthohomologated (xx-) purines and comparison to the natural and xDNA purines
Notice bibliographique
Résumé
The properties of doubly-expanded (xx-) purine analogues are compared to the natural and singly-expanded (x-) purines using quantum chemical (B3LYP, MP2) methods. Purine expansion upon incorporation of a benzene or naphthalene spacer affects the preferred orientation of the base about the glycosidic bond in the corresponding nucleoside to a similar extent. Although the natural purines preferentially adopt the anti orientation with respect to the 2'-deoxyribose moiety, the syn and anti conformations are almost isoenergetic in the case of the expanded analogues. However, the anti/syn rotational barrier either remains similar to or is slightly elevated upon purine expansion, and therefore the expanded analogues will likely display similar rigidity with respect to rotation about the glycosidic bond as the natural purines. The A:T Watson-Crick hydrogen-bond strength is slightly enhanced, while the G:C interaction energy decreases slightly, upon incorporation of either expanded purine. As expected, the largest effect of base expansion occurs on the stacking energies. Specifically, the maximum (most negative) stacking energies in isolated purine dimers formed by aligning the nucleobase centers of mass can be increased by up to 34% by including a single x-purine and by up to 51% by including an xx-purine. Although increases in the purinepurine intrastrand stacking interactions are found even when a simplified duplex model composed of two stacked (hydrogen-bonded) base pairs is considered, the purinepyrimidine stacking energies decrease upon purine expansion. However, the total stability (sum of all hydrogen-bonding and stacking interactions) of natural duplex models is up to 10% and 22% greater for duplexes containing expanded x- and xx-purines respectively, which is mainly due to enhanced inter and intrastrand stacking interactions. Thus, unidirectional expansion in the size of the nucleobase spacer can continuously enhance the stability of expanded duplexes.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
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