Abstract B19: Tumor-specific structural rearrangements as potential targets for anticancer vaccines.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract A hallmark of cancer is the accumulation of mutations that allow cells to proliferate uncontrollably. Every tumor has a unique set of somatic mutations, which can be identified with next generation sequencing. In theory, CD8+ T cells can recognize mutated proteins present in human cancers if the mutations are presented as peptides bound to MHC class I molecules. We hypothesize that personalized, tumor-specific peptide vaccines will activate CD8+ T cells and induce tumor regression. To test this concept, we subjected four mouse mammary tumors to RNA sequencing using the Illumina sequencing platform. We identified 14 somatic point mutations and one fusion transcript unique to these tumors. In addition, we have optimized a vaccination strategy involving long peptides and the adjuvant poly (I:C) that results in massive proliferation of antigen-specific CD8+ T cells. When we used this optimized vaccination protocol to target tumor specific mutations, a strong T cell response was elicited towards the fusion protein, but only weak responses or no responses were elicited towards the point mutations. Currently, we are vaccinating mice with immunogenic mutated-peptides, and assessing whether the T cell response elicited by the vaccines causes regression or rejection of established tumors that harbor the same mutations. As the cost of sequencing the human genome continues to decrease, personalized vaccines that target tumor-specific mutations may become a treatment strategy that is clinically feasible. Citation Format: Spencer David Martin, Darin A. Wick, John R. Webb, Robert A. Holt, Brad H. Nelson. Tumor-specific structural rearrangements as potential targets for anticancer vaccines. [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference on Tumor Immunology: Multidisciplinary Science Driving Basic and Clinical Advances; Dec 2-5, 2012; Miami, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(1 Suppl):Abstract nr B19.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,013 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».