The Logic of Surveillance Guidelines: An Analysis of Vaccine Adverse Event Reports from an Ontological Perspective
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: When increased rates of adverse events following immunization are detected, regulatory action can be taken by public health agencies. However to be interpreted reports of adverse events must be encoded in a consistent way. Regulatory agencies rely on guidelines to help determine the diagnosis of the adverse events. Manual application of these guidelines is expensive, time consuming, and open to logical errors. Representing these guidelines in a format amenable to automated processing can make this process more efficient. METHODS AND FINDINGS: Using the Brighton anaphylaxis case definition, we show that existing clinical guidelines used as standards in pharmacovigilance can be logically encoded using a formal representation such as the Adverse Event Reporting Ontology we developed. We validated the classification of vaccine adverse event reports using the ontology against existing rule-based systems and a manually curated subset of the Vaccine Adverse Event Reporting System. However, we encountered a number of critical issues in the formulation and application of the clinical guidelines. We report these issues and the steps being taken to address them in current surveillance systems, and in the terminological standards in use. CONCLUSIONS: By standardizing and improving the reporting process, we were able to automate diagnosis confirmation. By allowing medical experts to prioritize reports such a system can accelerate the identification of adverse reactions to vaccines and the response of regulatory agencies. This approach of combining ontology and semantic technologies can be used to improve other areas of vaccine adverse event reports analysis and should inform both the design of clinical guidelines and how they are used in the future. AVAILABILITY: Sufficient material to reproduce our results is available, including documentation, ontology, code and datasets, at http://purl.obolibrary.org/obo/aero.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,019 | 0,076 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,011 | 0,009 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,007 | 0,009 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».