The Ni(II)-Binding Properties of the Metallochaperone SlyD
Notice bibliographique
Résumé
Metallochaperones are essential for the safe and targeted delivery of necessary yet toxic metal cofactors to their respective protein partners. In this study we examine the nickel-binding properties of the Escherichia coli protein SlyD, a factor that contributes to optimal nickel accumulation in this organism. This protein is also required for E. coli energy metabolism because it participates in the nickel insertion step during [Ni-Fe]-hydrogenase metallocenter assembly. Our study demonstrates that SlyD is a multiple nickel ion binding protein. The analysis of noncovalent metal-protein complexes via electrospray ionization mass spectrometry revealed that SlyD binds up to seven nickel ions in a noncooperative manner with submicromolar affinity (<2 microM, upper limit) and that the protein exists in a dynamic mixture of metalloforms that is dependent on the availability of nickel ions in solution. Structural analysis indicates that this metallochaperone undergoes small but distinct changes in the structure upon metal binding and that the nickel-binding sites are assembled through beta-turn formation. Although the C-terminal metal-binding domain is primarily responsible for metal chelation, we find that metal binding also perturbs the structure of the N-terminal domains. An investigation of the nickel sites by using X-ray absorption spectroscopy shows that SlyD binds nickel ions by adapting several different geometries and coordination numbers. Finally, the characterization of SlyD mutants demonstrates that the cysteine residues in the C-terminal domain confer tighter affinity as well as increased binding capacity to SlyD. On the basis of the presented data a model for nickel binding to SlyD as well as its role in nickel homeostasis is discussed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».