Dimethyl sulfoxide improves sensitivity and specificity of RT-PCR and qRT-PCR amplification of low-expressed transgenes
Notice bibliographique
Résumé
The expression of transgenes in a host plant may be low for a number of reasons. Both low expression and poor specificity of amplification were encountered during analysis of the expression of the Arabidopsis cytokinin oxidase/dehydrogenase (AtCKX1) gene in transgenic Centaurium erythraea. The optimization of the PCR protocol involved a gradient of annealing temperatures, as well as the application of seven PCR enhancers: formamide, dimethyl sulfoxide (DMSO), glycerol, ethylene glycol, trehalose, BSA and Tween-20. The best results for AtCKX1 amplification were obtained at 55.1?C, with the addition of 5% DMSO. Glycerol and trehalose also improved the sensitivity of amplification, while formamide, ethylene glycol and BSA enhanced only the amplification of control purified targets, but not the transcripts. Tween-20 inhibited PCR. DMSO enhanced AtCKX1 PCR amplification and improved the specificity of qPCR amplification, as well as the assay reproducibility. This work emphasizes the usefulness of additives, which are rarely used for PCR optimization in real-time experiments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,002 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».