XAFS Spectral Analysis of the Cadmium Coordination Geometry in Cadmium Thiolate Clusters in Metallothionein
Notice bibliographique
Résumé
We report the combination of measurement and prediction of X-ray absorption fine structure (XAFS) data, where the term XAFS refers to the overall spectrum that encompasses both the X-ray Absorption Near Edge Structure (XANES) region as well as the Extended X-ray Absorption Fine Structure (EXAFS) region, to evaluate the cadmium thiolate cluster structures in the metalloprotein metallothionein. XAFS spectra were simulated using coordinates from molecular models of the protein calculated by molecular mechanics/molecular dynamics (MM3/MD), from NMR analyses, and from analysis of X-ray diffraction data. XAFS spectra were also simulated using the coordinates from X-ray crystallographic data for [Cd(SPh)4]2-, CdS, [Cd2(mu-SPh)2(SPh)4]2-, and [Cd4(mu-SPh)6(SPh)4]2-. The simulated XAFS data that were calculated using the FEFF8 program closely resemble the experimental data reported for [Cd(SPh)4]2-, CdS, [Cd2(mu-SPh)2(SPh)4]2-, [Cd4(mu-SPh)6(SPh)4]2-, rabbit liver metallothionein cadmium alpha-domain (Cd4-alpha MT), and cadmium rabbit liver betaalpha metallothionein (Cd7-betaalpha MT). MM3 force field parameters were modified to include cadmium-sulfur bonding and were initially set to values derived from published X-ray diffraction and EXAFS experimental data. The force field was further calibrated and adjusted through comparison between experimental spectra taken from the literature and simulated XAFS spectra calculated using the FEFF8 program in combination with atomic coordinates from MM3/MD energy minimization. MM3/MD techniques were used with the calibrated force field to predict the high-resolution structure of the metal clusters in rabbit liver Cd7-MT. Structures for Cd3S9 (beta) MT and Cd4S11 (alpha) MT domains from MM3/MD calculations and those previously reported for Cd7-MT on the basis of 1H and 113Cd NMR data were compared. Structural differences between the different models for these cadmium thiolate clusters were evident. Combining the measurement and simulation of XAFS data provides an excellent method of assessing, modeling, and predicting metal-binding sites in metalloproteins when X-ray absorption spectroscopy (XAS) data are available.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».