First Occurrence of a <i>Pseudomonas aeruginosa</i> Isolate in the United States Producing an IMP Metallo-β-Lactamase, IMP-18
Notice bibliographique
Résumé
First Occurrence of a Pseudomonas aeruginosa Isolate in the United StatesProducing an IMP Metallo--Lactamase, IMP-18Metallo--lactamases hydrolyze most -lactam antibiotics except aztreonam.Therefore, many pathogens that produce these enzymes at high levels are resistant to the majority of -lactam antibiotics, including the carbapenems.The first report of an imported metallo--lactamase described a Pseudomonas aeruginosa isolate obtained from a Japanese patient in 1988 (6).Since then, the occurrence of mobile genetic elements encoding metallo--lactamases has extended beyond P. aeruginosa to include many types of gram-negative organisms distributed throughout the world (5).Areas which have reported these types of isolates include several countries in Asia and Europe; the Americas, including Brazil, Canada, and the United States; and Australia (5).Based on recent reports, there are two major families of imported metallo--lactamases, IMP and VIM, that are carried on mobile gene cassettes inserted into integrons (5).Including those in this report, there are 18 variants of IMP metallo--lactamases and 11 variants of VIM metallo--lactamases (5).The only two published reports on metallo--lactamases from the United States identified VIM-2 and VIM-7 (1, 4).In this study, we investigated a carbapenem-resistant P. aeruginosa isolate for metallo--lactamase production.The isolate was recovered from the tracheal aspirate of a motorcycle accident victim in the southwestern United States.It was found to produce a new member of the IMP family of metallo--lactamases.The isolate was identified by the Phoenix system (BD Diagnostic Systems, Sparks, Md.).Antibiotic susceptibility was determined by broth microdilution and interpreted by using CLSI criteria (2).These data are presented in Table 1.Metallo-lactamase production was phenotypically investigated by using the Etest metallo--lactamase strip (AB BIODISK, Solna, Sweden).By Etest there was a Ն32-fold reduction in the MIC of imipenem in the presence of EDTA (Ն256 to 8 g/ml).The bla IMP-1-like gene was detected by PCR as previously described (3), using IMP-1-family-specific primers internal to the gene.Amplification of the full-length product of 781 bp was obtained by PCR, using an annealing temperature of 42°C, a magnesium concentration of 2 mM, and primers which flanked the gene.The forward primer was 5Ј-GTTAGAAAA GGAAAAGTATG-3Ј, and the reverse primer was 5Ј-TGCT GCAACGACTTGTTAG-3Ј.PCR products were generated on at least two separate occasions and sequenced by automated cycle sequencing, using an ABI Prism 3100-Avant Genetic analyzer.Sequence alignments and analyses were performed online using the BLAST program (www.ncbi.nlm.nih.gov).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».