Identification of variant ABC-transporter genes among<i>Onchocerca volvulus</i>collected from ivermectin-treated and untreated patients in Ghana, West Africa
Notice bibliographique
Résumé
Treatment with ivermectin (IVM) is known to cause a loss of polymorphism at certain loci of the beta-tubulin, gamma-aminobutyric-acid-receptor, glutamate-gated-chloride-channel and ATP-binding-cassette (ABC) transporter genes of IVM-resistant Haemonchus contortus. The genetic variation of four ABC-transporter homologues from Onchocerca volvulus was therefore investigated, to determine if any change in genetic polymorphism occurs in these genes following repeated treatment with IVM. Samples were collected in the Northern, Brong-Ahafo and Volta regions of Ghana, in 1999 and 2002; nodules containing adult O. volvulus were removed from subjects who had either received multiple IVM treatments or never taken IVM. The ATP-binding domains of four ABC-transporter genes (OvMDR-1, OvMDR-3, OvABC-1 and OvABC-6) were amplified from individual O. volvulus and examined for polymorphism, using single-strand-conformation-polymorphism (SSCP) analysis. In the samples collected in 1999, OvMDR-1 and OvABC-1 showed significant reduction in polymorphism following IVM treatment whereas OvABC-6 and OvMDR-3 were not found to be polymorphic. The samples collected in 2002 also showed a reduction in polymorphism for both OvMDR-1 and OvABC-1. Several single-nucleotide polymorphisms, which resulted in either amino-acid-replacement substitutions or nonsense mutations, were identified in the alleles of OvMDR-1 and OvABC-1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».