Opening and Closing Motions in the Periplasmic Vitamin B<sub>12</sub> Binding Protein BtuF
Notice bibliographique
Résumé
BtuF is the periplasmic binding protein (PBP) in the vitamin B(12) uptake system in Escherichia coli where it is associated with the ABC transporter BtuCD. When the ligand binds, PBPs generally display large conformational changes, commonly termed the Venus flytrap mechanism. BtuF belongs to a group of PBPs that, on the basis of crystal structures, does not appear to display such behavior. Using 480 ns multicopy molecular dynamics simulations of apo and holo forms of the protein, we investigate the dynamics of BtuF. We find BtuF to be more flexible than previously assumed, displaying clear opening and closing motions which are more pronounced in the apo form. The protein behavior is compatible with a PBP functional model that postulates a closed conformation for the ligand-bound state, whereas the empty form fluctuates between open and closed conformations. Elastic network normal-mode analysis suggests that all BtuF-like PBPs are capable of similar opening and closing motions. It also makes the typical Venus flytrap domain motions a likely common means of how PBP-ABC transporter interaction could occur.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».