MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2005643874 · doi:10.1111/j.1365-2141.2005.05624.x

Confirmation of paternity suggests a new mutation in the factor VII gene: ‘Pater certus quouque est’ ‐ Response to Girolami <i>et al</i>

2005· article· en· W2005643874 sur OpenAlexaff
Jeff Hewitt, Jennifer N. M. Ballard, Tanya N. Nelson, Valerie C. Smith, Tanya A. M. Griffiths, Sheila Pritchard, John K. Wu, Louis D. Wadsworth, Brett Casey, Ross T. A. MacGillivray

Notice bibliographique

RevueBritish Journal of Haematology · 2005
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMuscle Physiology and Disorders
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGeneticsAlleleBiologyProbandMutationPopulationAmelogeninMicrosatellitePolymerase chain reactionX chromosomeGeneDemography

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Thank you for giving us the opportunity to respond to the comments made by Dr Girolami and colleagues concerning our paper describing a patient with severe factor VII deficiency (Hewitt et al, 2005). In our paper, we proposed that the severe deficiency arose from a previously undetected maternal deletion of a region of chromosome 13 (including the factor VII and factor X genes) together with a new paternal point mutation. Dr Girolami and colleagues suggested that (i) germinal mosaicism in the father and (ii) different paternity could also explain the results in our paper. Concerning the paternity, we did state in our paper that paternity was confirmed using the commercially available AmpFlSTR Identifiler polymerase chain reaction Amplification Kit (Applied Biosystems). In addition, this kit was used to verify relationships between all familial samples and rule out any possibility of sample mis-identification. However, Dr Girolami and colleagues are correct in pointing out that we did not give details of the results in our paper. In fact, the short tandem repeat (STR) analysis confirmed paternity by using 16 different STR alleles including the amelogenin allele that distinguishes between the X- and Y-chromosomes. The proband's family is Caucasian, so using the statistics supplied with the kit (for the US Caucasian population), the STR analysis had a power of discrimination of 1 in 2·00 × 1017, giving an average probability of paternity exclusion of 0·9999992. For this reason, we suggested that the g.3907G > A change represented a new paternal mutation that changes the codon for Glu29 to Lys (E29K). We agree with Dr Girolami and colleagues that the mechanism that gave rise to this mutation could be germinal mosaicism in the father. In this case, the mutation occurs postzygotically in the parent, rather than during meiosis. Germinal mosaicism has been described in many conditions including Duchenne muscular dystrophy (Bakker et al, 1987; Bunyan et al, 1994; van Essen et al, 2003), osteogenesis imperfecta (Raghunath et al, 1995) and pseudoachondroplasia (Hall et al, 1987; Ferguson et al, 1997). Typically, it is observed in dominant (and X-linked recessive) disorders, and is much less common in autosomal recessive diseases (Cserhalmi-Friedman et al, 2002). This may partially reflect ascertainment bias because of the rarity of a mating occurring between a carrier of an autosomal recessive disorder and a germline mosaic for the same disorder. We agree that germinal mosaicism indeed could be investigated by sperm analysis. In summary, because paternity was confirmed, we believe that we have identified a new mutation in the factor VII gene that may have arisen either (i) postzygotically in the father, (ii) during meiosis in the father, or (iii) postzygotically in the proband, but at such a moment and cell type that her factor VII-producing cells (liver hepatocytes) and leucocytes harbour the mutation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,010
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Étude de cas · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Commentaire · Signal consensuel: Commentaire
Score de désaccord entre enseignants0,006
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,010
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0060,009
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0050,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,271
Écart entre enseignants0,261 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeÉtude de cas
Domainenon disponible
GenreCommentaire

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2005
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueBritish Journal of HaematologyMême sujetMuscle Physiology and DisordersTravaux en français237 207