Study of protein aggregation using two‐dimensional correlation infrared spectroscopy and spectral simulations
Notice bibliographique
Résumé
Two-dimensional (2D) correlation spectroscopy establishes correlations between intensity variations in a series of spectra obtained by the application of an external perturbation. However, spectral effects (wavenumber shift or bandwidth change) are known to generate apparent asynchronisms in 2D maps. Surprisingly, spectral effects are often neglected in the literature when interpreting experimental maps, which can lead to erroneous conclusions. In an attempt to evaluate the contribution of these effects and that of true asynchronisms on 2D maps, the heat-induced aggregation of glutamyl-tRNA synthetase (GluRS) was studied as a typical example of the application of Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy in the amide I region. The data were compared with those obtained from a mutant protein that differs by one amino acid. To determine whether the aggregation mechanisms are identical for both proteins, the experimental 2D maps were compared to simulations based on curve fitting of the initial and final spectra of the series, which allows change in position and bandwidth of the components to be taken into account. Intermediate spectra were generated using a convenient function that mimics the spectral evolution. The speed and the delay of each component were controlled. Apart from the appearance of turns that occur for the mutant and not for GluRS, the aggregation mechanisms of both proteins seems to be essentially identical. In particular, the loss of alpha-helices seems to be concomitant with the formation of intermolecular beta-sheets, whereas the loss of intramolecular beta-sheets is delayed. Since the experimental maps are satisfactorily simulated when almost all the components are in phase, it appears that many of the asynchronous features are mainly due to spectral effects. Thus, one has to be aware that true asynchronisms are not necessarily at the origin of peaks observed in asynchronous maps.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».