<i>Chenopodium</i> polyploidy inferences from <i>Salt Overly Sensitive 1</i> (<i>SOS1</i>) data
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Notice bibliographique
Résumé
PREMISE OF THE STUDY: Single-copy nuclear loci can provide powerful insights into polyploid evolution. Chenopodium (Amaranthaceae) is a globally distributed genus composed of approximately 50-75 species. The genus includes several polyploid species, some of which are considered noxious agricultural weeds, and a few are domesticated crops. Very little research has addressed their evolutionary origin to date. We construct a phylogeny for Chenopodium based on two introns of the single-copy nuclear locus Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) to clarify the relationships among the genomes of the allotetraploid and allohexaploid species, and to help identify their genome donors. METHODS: Diploid species were sequenced directly, whereas homeologous sequences of polyploid genomes were first separated by plasmid-mediated cloning. Data were evaluated in maximum likelihood and Bayesian phylogenetic analyses. KEY RESULTS: Homeologous sequences of polyploid species were found in four clades, which we designate as A-D. Two distinct polyploid lineages were identified: one composed of American tetraploid species with A and B class homeologs and a second composed of Eastern Hemisphere hexaploid species with B, C, and D class homeologs. CONCLUSIONS: We infer that the two polyploid lineages arose independently and that each lineage may have originated only once. The American diploid, C. standleyanum, was identified as the closest living diploid relative of the A genome donor for American tetraploids, including domesticated C. quinoa, and is of potential importance for quinoa breeding. The east Asian diploid species, C. bryoniifolium, groups with American diploid species, which suggests a transoceanic dispersal.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle