What is the Significance of a High Cycle Threshold Positive IS481 PCR for Bordetella pertussis?
Notice bibliographique
Résumé
To the Editors: We read with great interest the article by Waters et al regarding an outbreak of atypical pertussis diagnosed by polymerase chain reaction (PCR).1 It is well established that PCR targeting the IS481 gene, of which there are 50 to 200 copies per bacterial cell, is a highly sensitive method for detecting Bordetella pertussis.2 Indeed, with this assay, a positive result with a cycle threshold (CT) value >35 likely represents the detection of less than 1 organism per sample.2,3 Consequently, it remains unclear how to interpret a late-cycle positive PCR result. Does it represent detection of true pertussis disease (possibly modified by vaccination, partial natural immunity or antimicrobial therapy)? Or, does it represent transient colonization where B. pertussis was an innocent bystander with regards to the clinical syndrome that prompted diagnostic testing? Given that Walters et al used a CT of ≤40 to define a case, and given that their mean CT value was 38.4, further analysis is necessary to understand the clinical relevance of their results and to shed light on the dilemma of interpreting CT values >35. To do so, it would be invaluable to look for the existence of an association between higher CT values and the presence of coinfection with other respiratory pathogens (as tested by PCR on the study's pertussis-positive nasopharyngeal samples). Furthermore, a receiver operating characteristic curve would help elucidate how CT cut-off values affect the diagnostic assay's sensitivity and specificity when compared with a reference standard such as the clinical case definition of pertussis. Jesse Papenburg, MD, FRCPC Infectious Diseases Division, Department of Pediatrics and Department of Microbiology Montreal Children's Hospital, McGill University Health Centre Montreal, Canada Infectious Disease Research Centre Centre Hospitalier Université Laval Quebec City, Canada Patricia Fontela, MD, MSc Department of Epidemiology and Biostatistics McGill University Montreal, Canada
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».