Identification of a calcitriol-regulated Sp-1 site in the promoter of human CD14 using a combined western blotting elect rophoresis mobility shift assay (WEMSA)
Notice bibliographique
Résumé
Calcitriol (1alpha, 25-dihydroxyvitamin D(3)) induces the expression of CD14 in mononuclear phagocytes. The mechanisms accounting for this have been unclear since the promoter of CD14 does not contain a canonical vitamin D response element (VDRE). Calcitriol has been shown to regulate the activity of the transcription factor Sp-1 and our analysis of the proximal promoter of CD14 indicated the presence of four Sp-1-like binding sequences. To identify which of these sites might be involved in the response to calcitriol, we used a system incorporating an electrophoretic mobility shift assay (EMSA) coupled to Western blot analysis (WEMSA). Using WEMSA, we found that only one of the Sp-1-like binding sequences, located at position -91 to -79 (relative to the transcription start site), bound the transcription factor Sp1. Sp-1 binding to this site was demonstrable using nuclear extracts from control cells. Notably, binding activity was attenuated in nuclear extracts prepared from cells that had been incubated with calcitriol, thus suggesting Sp-1 involvement in calcitriol induction of CD14 expression. Notably, these results show that like EMSA, WEMSA can be broadly applied to aid in the identification of transcription factors involved in regulating gene expression. WEMSA, however, offers a number of distinct advantages when compared with conventional EMSA. Antibodies used for WEMSA often provide less ambiguous signals than those used in EMSA, and these do not have to recognize epitopes under native conditions. In addition, WEMSA does not require the use of labeled oligos, thus eliminating a significant expense associated with EMSA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».