Nucleosome-coupled expression differences in closely-related species
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Genome-wide nucleosome occupancy is negatively related to the average level of transcription factor motif binding based on studies in yeast and several other model organisms. The degree to which nucleosome-motif interactions relate to phenotypic changes across species is, however, unknown. RESULTS: We address this challenge by generating nucleosome positioning and cell cycle expression data for Saccharomyces bayanus and show that differences in nucleosome occupancy reflect cell cycle expression divergence between two yeast species, S. bayanus and S. cerevisiae. Specifically, genes with nucleosome-depleted MBP1 motifs upstream of their coding sequence show periodic expression during the cell cycle, whereas genes with nucleosome-shielded motifs do not. In addition, conserved cell cycle regulatory motifs across these two species are more nucleosome-depleted compared to those that are not conserved, suggesting that the degree of conservation of regulatory sites varies, and is reflected by nucleosome occupancy patterns. Finally, many changes in cell cycle gene expression patterns across species can be correlated to changes in nucleosome occupancy on motifs (rather than to the presence or absence of motifs). CONCLUSIONS: Our observations suggest that alteration of nucleosome occupancy is a previously uncharacterized feature related to the divergence of cell cycle expression between species.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».